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    实验室库存管理从文件夹走向定制数据库

    发布时间:2015-07-11   点击率:1055

    研究人员至少应对这样一件事有信心:他们不会再对实验室资源茫然无知了。

    当Marilyn Goudreault收到申请使用被储存在其管理的加拿大多伦多Lunenfeld-Tanenbaum研究所实验室中的质粒的单据时,人们对于她能否兑现,从未有任何疑问。分享试剂是在同行评议期刊出版论文的先决条件,并且对于科学过程十分重要。但首先,Goudreault必须找到质粒——DNA的循环链。

    在许多实验室,这项任务可能需要搜遍旧笔记本、过时的电子表格和已经落满霜冻的冰冻盒。但在Goudreault的实验室,工作人员会使用OpenFreezer追踪试剂:OpenFreezer是一个免费的基于Linux 的开源Web应用程序,可以用于保存和安全归档多个试剂文件——不仅包括质粒,还包括抗体DNA、RNA和蛋白质片段,支持多用户界面。

    Goudreault只需要快速检索材料,然后检查储存库中被指明的盒子。“我在15分钟内就完成了所有事。”她说。

    媒体报道称,用户可以自定义OpenFreezer,来跟踪和管理库存中任何类型的试剂,也包括质粒、插入片段、寡聚核苷酸和细胞株等。研究人员还可以通过一个简单的Web浏览器连接上系统。通过定期更新数据库,研究人员就能确保自己样品的安全归档,当然前提是存储样品的时候要登记下来。不过Colwill也表示,这一系统能确保关键试剂的保存和寻找,实验室管理员可以要求研究人员进行常规的试剂保存,这样就能完善整个系统。

    OpenFreezer是诸多用于简化实验室管理的计算机库存系统之一。这些系统的范围从为个人实验室提供的简单数据库到企业级别的系统,并且能用于调节预算支出。还有一些程序被设计用于冷冻样品记录,另外一些可用于追踪化学用品或实验用动物。一些程序还能帮助制定采购和设备清单,而一些仅限于简单描述。但就一切情况而论,这些程序的目标是帮助实验室工作人员知道有什么资源可供使用以及哪里能找到它们。

    一直以来,许多实验室追踪存货的方法不外乎利用活页夹中的纸张或电子数据表格。当然也有人使用更复杂的数据库软件。例如,上世纪90年代,当在加拿大西方大学建立实验室时,病毒学家Joe Mymryk研发出了一个微软Access数据库,以追踪试剂。2007年,他的毕业生Ahmed Yousef与美国普渡大学计算机专业毕业生Ibrahim Baggili一起开发出一个用户友好、基于微软界面的系统:LINA(实验室库存网络应用)。

    LINA能储存一系列试剂信息,包括细菌、酵母菌株和DNA片段等。当新试剂被研发出来后,它们会被录入该系统,并获得一个独一无二的标识符。然后,样本根据这些数字被储存在冷冻库中,而使用者能利用关键字、来源和功能等信息进行寻找。

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